| Вступление | |
| Часть первая - Приуготовление | |
| Детство и юношество | |
| Первые подвиги | |
| В Белобережской пустыни | |
| Часть вторая - Противодействие воле Божией | |
| Первое посещение Божией Матери | |
| Второе посещение Божией Матери | |
| Третье посещение Божией Матери | |
| Часть третья - Подчинение воле Божией | |
| Приход в Киев | |
| В Никольском монастыре | |
| Двойное чудо с диаконом Флавианом | |
| На Крымской войне | |
| В Братском и "Греческом" монастырях | |
| Начало новой обители | |
| В Выдубицком монастыре | |
| Посещение Божьей Матерью 1 марта 1861 года | |
| Посещение Божьей Матерью 9 марта 1862 года | |
| Часть четвертая - Скорби, испытания и их плоды | |
| Обитель Святой Троицы | |
| История чудотворной иконы | |
| Принципы новой обители | |
| Развитие обители | |
| Скорби старца Ионы | |
| Посещение преподобным Сергием Радонежским | |
| Видение Небесной Обители | |
| Последние дни старца и его блаженная кончина | |
| Последующая история обители | |
| Часть пятая - Рассказы о старце Ионе разных лиц | |
| Рассказы о старце Ионе разных лиц | |
| Приложение | |
| Из беседы отца Ионы с братией обители (1879 год) | |